org.biojava.bio.alignment.BLOSUM65.50 Maven / Gradle / Ivy
# Matrix made by matblas from blosum65.iij
# * column uses minimum score
# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
# Cluster Percentage: >= 65
# Entropy = 0.7576, Expected = -0.5675
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
R -1 6 0 -2 -4 1 0 -2 0 -3 -2 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
N -2 0 6 1 -3 0 0 -1 1 -3 -4 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -5
D -2 -2 1 6 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -3 4 1 -1 -5
C 0 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -4 -2 -5
Q -1 1 0 0 -3 6 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5
E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 1 4 -1 -5
G 0 -2 -1 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -5
H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -5
I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -2 -1 3 -3 -3 -1 -5
L -2 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -5
M -1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5
F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -2 -5
P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -5
S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5
T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
W -3 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 10 2 -3 -4 -3 -2 -5
Y -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -5
V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -5
B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -5
Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -5
X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -5
* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1