Download htsjdk JAR 2.20.0 with all dependencies

Files of the artifact htsjdk version 2.20.0 from the group com.github.samtools.

Artifact htsjdk
Group com.github.samtools
Version 2.20.0

Please rate this JAR file. Is it a good library?

44 downloads

Source code of htsjdk version 2.20.0

META-INF

META-INF.META-INF.MANIFEST.MF

htsjdk.samtools

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AlignmentBlock

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileConstants

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileSpan

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexContent

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIteratorFilter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMQueryMultipleIntervalsIteratorFilter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecordCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMSBIIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMStartingAtIteratorFilter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamFileIoUtils

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamIndexValidator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Bin

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinList

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinWithOffset

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryBAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryCigarCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryTagCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexContent

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMBAIIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMCRAIIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMContainerStreamWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CSIIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CachingBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ChainedDownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Chunk

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Cigar

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarElement

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarOperator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ComparableSamRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CompressedIndexFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ConstantMemoryDownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CustomReaderFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Defaults

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DiskBasedBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DownsamplingIteratorFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateSet

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateSetIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.FileTruncatedException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.HighAccuracyDownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexFileBufferFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexStreamBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.LinearIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.MemoryMappedFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.NotPrimarySkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.QueryInterval

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.RandomAccessFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ReservedTagConstants

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndUnsignedArrayValue

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileHeader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSource

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSpan

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFlag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFormatException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMLineParser

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMProgramRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordDuplicateComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordQueryHashComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionaryCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTagUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTestUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMUtils

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMValidationError

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SQTagUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileValidator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFiles

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFlagField

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamIndexes

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamInputResource

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamPairUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReaderFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamStreams

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SecondaryAlignmentSkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.StreamInflatingIndexingOutputStream

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextCigarCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextTagCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextualBAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ValidationStringency

htsjdk.samtools.apps

htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeChannel

htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeRandomAccessFile

htsjdk.samtools.cram

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIEntry

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIIndex

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAMException

htsjdk.samtools.cram.build

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CompressionHeaderFactory

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.ContainerFactory

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.ContainerParser

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.Cram2SamRecordFactory

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerHeaderIterator

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerIterator

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramIO

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramNormalizer

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramSpanContainerIterator

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.Sam2CramRecordFactory

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.Utils

htsjdk.samtools.cram.common

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.CramVersionPolicies

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.CramVersions

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.IntHashMap

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.MutableInt

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.Version

htsjdk.samtools.cram.compression

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.ExternalCompression

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.ExternalCompressor

htsjdk.samtools.cram.compression.rans

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Constants

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D04

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D14

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Decoding

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E04

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E14

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Encoding

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Frequencies

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANS

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Utils

htsjdk.samtools.cram.digest

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.AbstractSerialDigest

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.ByteSumCombine

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.Combine

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.ContentDigests

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.Crc32Hasher

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.IntegerSumCombine

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.MessageDigestHasher

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.SERIES

htsjdk.samtools.cram.encoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.EncodingFactory

htsjdk.samtools.cram.encoding.core

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CoreCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanBitCode

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanByteHelper

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanCode

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanIntHelper

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanLeaf

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanNode

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanParamsCalculator

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanTree

htsjdk.samtools.cram.encoding.external

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.CramRecordReader

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.DataSeriesReader

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.MultiRefSliceAlignmentSpanReader

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.BaseQualityScore

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Bases

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Deletion

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.HardClip

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.InsertBase

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Insertion

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Padding

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadBase

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadFeature

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.RefSkip

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Scores

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.SoftClip

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Substitution

htsjdk.samtools.cram.encoding.writer

htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.CramRecordWriter

htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.DataSeriesWriter

htsjdk.samtools.cram.io

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.BitInputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.BitOutputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CRC32InputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CRC32OutputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CountingInputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CramInt

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CramIntArray

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitInputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitOutputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.ITF8

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.InputStreamUtils

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.LTF8

htsjdk.samtools.cram.lossy

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.BaseCategory

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.BaseCategoryType

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.Binning

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.PreservationPolicy

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.QualityScorePreservation

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.QualityScoreTreatment

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.QualityScoreTreatmentType

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.ReadCategory

htsjdk.samtools.cram.lossy.htsjdk.samtools.cram.lossy.ReadCategoryType

htsjdk.samtools.cram.ref

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.CRAMReferenceSource

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.EnaRefService

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.GaveUpException

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.InMemoryReferenceSequenceFile

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContext

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContextType

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceRegion

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceSource

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceTracks

htsjdk.samtools.cram.structure

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.AlignmentSpan

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeader

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.Container

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.ContainerHeaderIO

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.ContainerIO

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CramCompressionRecord

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CramHeader

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeries

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeriesType

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingID

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingParams

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.ReadTag

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.Slice

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SliceIO

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionBase

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionMatrix

htsjdk.samtools.cram.structure.block

htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.Block

htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockCompressionMethod

htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockContentType

htsjdk.samtools.example

htsjdk.samtools.example.htsjdk.samtools.example.ExampleSamUsage

htsjdk.samtools.example.htsjdk.samtools.example.PrintReadsExample

htsjdk.samtools.fastq

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.AsyncFastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.BasicFastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqConstants

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqEncoder

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqReader

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqRecord

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriterFactory

htsjdk.samtools.filter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AbstractJavascriptFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FilteringSamIterator

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.InsertSizeFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.IntervalKeepPairFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.JavascriptSamRecordFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.MappingQualityFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.OverclippedReadFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.TagFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter

htsjdk.samtools.liftover

htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.Chain

htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.LiftOver

htsjdk.samtools.metrics

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.Header

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricBase

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricsFile

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.StringHeader

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.VersionHeader

htsjdk.samtools.reference

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.AbstractFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.AbstractIndexedFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.BlockCompressedIndexedFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriter

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriterBuilder

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndex

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexCreator

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexEntry

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequence

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileFactory

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileWalker

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.SamLocusAndReferenceIterator

htsjdk.samtools.seekablestream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ByteArraySeekableStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ISeekableStreamFactory

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ReadableSeekableStreamByteChannel

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableBufferedStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStreamHelper

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFileStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableHTTPStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableMemoryStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekablePathStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStreamFactory

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.UserPasswordInput

htsjdk.samtools.sra

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.ReferenceCache

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAAccession

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAAlignmentIterator

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAIndexedSequenceFile

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRALazyRecord

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAUnalignmentIterator

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAUtils

htsjdk.samtools.util

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractAsyncWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractLocusInfo

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractLocusIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractProgressLogger

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractRecordAndOffset

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsciiWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsyncBlockCompressedInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsyncBufferedIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BinaryCodec

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedFilePointerUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedStreamConstants

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockGunzipper

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BufferedLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CigarUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloseableIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloserUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CodeUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CollectionUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ComparableTuple

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CoordMath

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CoordSpanInputSteam

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CustomGzipOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DateParser

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DelegatingIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DiskBackedQueue

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.EdgeReadIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.EdgingRecordAndOffset

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastqQualityFormat

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FileAppendStreamLRUCache

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FileExtensions

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FormatUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.GZIIndex

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Histogram

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.HttpUtils

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IOUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Interval

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalCodec

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalCoordinateComparator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalList

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalListReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalListWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTree

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTreeMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iso8601Date

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableAdapter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableOnceIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iterables

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Lazy

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ListMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Locatable

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocationAware

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Locus

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusComparator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusImpl

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Log

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.MergingIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Murmur3

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.OverlapDetector

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekableIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PositionalOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProcessExecutor

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLogger

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLoggerInterface

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityEncodingDetector

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RelativeIso8601Date

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMapFunctor

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeEOFException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeScriptException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamConstants

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamLocusIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordIntervalIteratorFactory

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordTrackingBuffer

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SequenceUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SnappyLoader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SolexaQualityConverter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingCollection

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingLongCollection

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StopWatch

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TempStreamFactory

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TestUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TrimmingUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Tuple

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.WholeGenomeReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.ftp

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPClient

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPReply

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPStream

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPUtils

htsjdk.samtools.util.nio

htsjdk.samtools.util.nio.htsjdk.samtools.util.nio.DeleteOnExitPathHook

htsjdk.samtools.util.zip

htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.DeflaterFactory

htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.InflaterFactory

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureReader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AsciiFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.BinaryFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.CloseableTribbleIterator

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Feature

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodecHeader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureReader

htsjdk.tribble.IntervalList

htsjdk.tribble.IntervalList.htsjdk.tribble.IntervalList.IntervalListCodec

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.NameAwareCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.SimpleFeature

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TabixFeatureReader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleException

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleIndexedFeatureReader

htsjdk.tribble.annotation

htsjdk.tribble.annotation.htsjdk.tribble.annotation.Strand

htsjdk.tribble.bed

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDCodec

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDFeature

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.FullBEDFeature

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.SimpleBEDFeature

htsjdk.tribble.example

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.CountRecords

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ExampleBinaryCodec

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndexToTable

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndicesAreEqual

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ProfileIndexReading

htsjdk.tribble.exception

htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.CodecLineParsingException

htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.UnsortedFileException

htsjdk.tribble.index

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.AbstractIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Block

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.ChrIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.DynamicIndexCreator

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Index

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexCreator

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexFactory

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.MutableIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.TribbleIndexCreator

htsjdk.tribble.index.interval

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.Interval

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalIndexCreator

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTree

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTreeIndex

htsjdk.tribble.index.linear

htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndex

htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndexCreator

htsjdk.tribble.index.tabix

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixFormat

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndex

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexCreator

htsjdk.tribble.readers

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReaderIterator

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.BlockCompressedAsciiLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIterator

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIteratorImpl

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LongLineBufferedReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.Positional

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.PositionalBufferedStream

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.SynchronousLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixIteratorLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixReader

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.readme.txt

htsjdk.tribble.util

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.FTPHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.HTTPHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianInputStream

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianOutputStream

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.MathUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.ParsingUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.RemoteURLHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.TabixUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.URLHelper

htsjdk.tribble.util.popgen

htsjdk.tribble.util.popgen.htsjdk.tribble.util.popgen.HardyWeinbergCalculation

htsjdk.utils

htsjdk.utils.htsjdk.utils.ClassFinder

htsjdk.utils.htsjdk.utils.ValidationUtils

htsjdk.variant.bcf2

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Codec

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Decoder

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2GenotypeFieldDecoders

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2LazyGenotypesDecoder

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Type

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Utils

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCFVersion

htsjdk.variant.example

htsjdk.variant.example.htsjdk.variant.example.PrintVariantsExample

htsjdk.variant.utils

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.GeneralUtils

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.SAMSequenceDictionaryExtractor

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.VCFHeaderReader

htsjdk.variant.variantcontext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Allele

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.CommonInfo

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.FastGenotype

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Genotype

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeBuilder

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeJEXLContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeLikelihoods

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeType

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypesContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.JEXLMap

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.JexlMissingValueTreatment

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.LazyGenotypesContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.StructuralVariantType

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextComparator

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextUtils

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantJEXLContext

htsjdk.variant.variantcontext.filter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.CompoundFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringIterator

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringVariantContextIterator

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.GenotypeQualityFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.HeterozygosityFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.JavascriptVariantFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.PassingVariantFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.SnpFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.VariantContextFilter

htsjdk.variant.variantcontext.writer

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.AsyncVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Encoder

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldEncoder

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriterManager

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Writer

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IndexingVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IntGenotypeFieldAccessors

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.Options

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriterBase

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VCFWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterBuilder

htsjdk.variant.vcf

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.AbstractVCFCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCF3Codec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFAltHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCompoundHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFConstants

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFContigHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFEncoder

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFilterHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFormatHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeader

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineCount

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineTranslator

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineType

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderVersion

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIDHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFInfoHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIterator

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIteratorBuilder

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFMetaHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPassThruTextTransformer

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPedigreeHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPercentEncodedTextTransformer

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFRecordCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFSampleHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFSimpleHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFStandardHeaderLines

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFTextTransformer

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFUtils