All Downloads are FREE. Search and download functionalities are using the official Maven repository.
Search JAR files by class name

Download htsjdk JAR 4.1.2 with all dependencies


htsjdk

Files of the artifact htsjdk version 4.1.2 from the group com.github.samtools.

Artifact htsjdk
Group com.github.samtools
Version 4.1.2
Last update 17. September 2024
Tags: high java formats data throughput sequencing
Organization com.github.samtools
URL http://samtools.github.io/htsjdk/
License MIT License
Dependencies amount 7
Dependencies commons-jexl, commons-logging, snappy-java, commons-compress, xz, ant, testng,
There are maybe transitive dependencies!
There is a newer version: 4.1.3
Show newest version
Show more of this group  Show more artifacts with this name
Show all versions of htsjdk Show documentation

Please rate this JAR file. Is it a good library?

44 downloads

Source code of htsjdk version 4.1.2

META-INF
META-INF.META-INF.MANIFEST.MF
META-INF.services
META-INF.services.META-INF.services.htsjdk.beta.plugin.HtsCodec
htsjdk.annotations
htsjdk.annotations.htsjdk.annotations.BetaAPI
htsjdk.annotations.htsjdk.annotations.InternalAPI
htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta
htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.FASTACodecV1_0
htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.FASTADecoderV1_0
htsjdk.beta.codecs
htsjdk.beta.codecs.htsjdk.beta.codecs.package-info
htsjdk.beta.codecs.reads
htsjdk.beta.codecs.reads.htsjdk.beta.codecs.reads.ReadsCodecUtils
htsjdk.beta.codecs.reads.bam
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMCodec
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMDecoder
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMDecoderOptions
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMEncoder
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMEncoderOptions
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMCodecV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMDecoderV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMEncoderV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.cram
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMCodec
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMDecoder
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMDecoderOptions
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMEncoder
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMEncoderOptions
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMCodecV2_1
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMDecoderV2_1
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMEncoderV2_1
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMCodecV3_0
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMDecoderV3_0
htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMEncoderV3_0
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.HtsgetBAMCodec
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.HtsgetBAMDecoder
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.HtsgetBAMCodecV1_2
htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.HtsgetBAMDecoderV1_2
htsjdk.beta.codecs.reads.sam
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMCodec
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMDecoder
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMEncoder
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMCodecV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMDecoderV1_0
htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMEncoderV1_0
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFCodec
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFDecoder
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFEncoder
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VariantsCodecUtils
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFCodecV3_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFDecoderV3_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFEncoderV3_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFCodecV3_3
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFDecoderV3_3
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFEncoderV3_3
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFCodecV4_0
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFDecoderV4_0
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFEncoderV4_0
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFCodecV4_1
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFDecoderV4_1
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFEncoderV4_1
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFCodecV4_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFDecoderV4_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFEncoderV4_2
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.VCFCodecV4_3
htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.VCFDecoderV4_3
htsjdk.beta.exception
htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkException
htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkIOException
htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkPluginException
htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkUnsupportedOperationException
htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.package-info
htsjdk.beta.io
htsjdk.beta.io.htsjdk.beta.io.IOPathUtils
htsjdk.beta.io.bundle
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.Bundle
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleBuilder
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleJSON
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleResource
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleResourceBase
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleResourceType
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.IOPathResource
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.InputStreamResource
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.OutputStreamResource
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.SeekableStreamResource
htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.SignatureStream
htsjdk.beta.io
htsjdk.beta.io.htsjdk.beta.io.package-info
htsjdk.beta
htsjdk.beta.htsjdk.beta.package-info
htsjdk.beta.plugin
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsCodec
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsContentType
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsDecoder
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsDecoderOptions
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsEncoder
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsEncoderOptions
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsHeader
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsRecord
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsVersion
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.IOUtils
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.Upgradeable
htsjdk.beta.plugin.hapref
htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HapRefDecoderOptions
htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceCodec
htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceDecoder
htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceDecoderOptions
htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceEncoder
htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceEncoderOptions
htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceFormats
htsjdk.beta.plugin.interval
htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsInterval
htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsIntervalUtils
htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQuery
htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQueryInterval
htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQueryRule
htsjdk.beta.plugin
htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.package-info
htsjdk.beta.plugin.reads
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsBundle
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsCodec
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsDecoder
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsDecoderOptions
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsEncoder
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsEncoderOptions
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsFormats
htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsQuery
htsjdk.beta.plugin.registry
htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HaploidReferenceResolver
htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HtsCodecRegistry
htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HtsCodecResolver
htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HtsDefaultRegistry
htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.ReadsResolver
htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.VariantsResolver
htsjdk.beta.plugin.variants
htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsBundle
htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsCodec
htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsDecoder
htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsDecoderOptions
htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsEncoder
htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsEncoderOptions
htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsFormats
htsjdk.io
htsjdk.io.htsjdk.io.AsyncWriterPool
htsjdk.io.htsjdk.io.HtsPath
htsjdk.io.htsjdk.io.IOPath
htsjdk.io.htsjdk.io.Writer
htsjdk.samtools
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AlignmentBlock
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileConstants
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileReader
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileSpan
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexContent
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexMerger
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIteratorFilter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMQueryMultipleIntervalsIteratorFilter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecord
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecordCodec
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMSBIIndexer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMStartingAtIteratorFilter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMStreamWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamFileIoUtils
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamIndexValidator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Bin
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinList
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinWithOffset
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryBAMIndexWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryCigarCodec
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryTagCodec
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexContent
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMBAIIndexer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMCRAIIndexer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMContainerStreamWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMFileReader
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMFileWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMIndexer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CSIIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CachingBAMFileIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CachingBamFileIndexOptimizedForMerging
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ChainedDownsamplingIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Chunk
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Cigar
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarElement
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarOperator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ComparableSamRecordIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CompressedIndexFileBuffer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ConstantMemoryDownsamplingIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CustomReaderFactory
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Defaults
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DiskBasedBAMFileIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DownsamplingIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DownsamplingIteratorFactory
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateSet
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateSetIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.FileTruncatedException
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.HighAccuracyDownsamplingIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.HtsgetBAMFileReader
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexFileBuffer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexFileBufferFactory
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexMerger
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexStreamBuffer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.LinearIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.MemoryMappedFileBuffer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.NotPrimarySkippingIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.QueryInterval
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.RandomAccessFileBuffer
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ReservedTagConstants
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndUnsignedArrayValue
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMException
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileHeader
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSource
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSpan
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFlag
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFormatException
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMLineParser
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMProgramRecord
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecord
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordComparator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordDuplicateComparator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordFactory
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordQueryHashComparator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionaryCodec
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTag
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTagUtil
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTestUtil
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextReader
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMUtils
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMValidationError
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndexMerger
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndexWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SQTagUtil
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAFileReader
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAIndex
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileValidator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFiles
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFlagField
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamIndexes
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamInputResource
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamPairUtil
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReader
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReaderFactory
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamStreams
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SecondaryAlignmentSkippingIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.StreamInflatingIndexingOutputStream
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextCigarCodec
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextTagCodec
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextualBAMIndexWriter
htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ValidationStringency
htsjdk.samtools.apps
htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeChannel
htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeRandomAccessFile
htsjdk.samtools.cram
htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.BAIEntry
htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIEntry
htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIIndex
htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIIndexMerger
htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAMException
htsjdk.samtools.cram.build
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CRAMReferenceRegion
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CompressionHeaderFactory
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.ContainerFactory
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerHeaderIterator
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerIterator
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramIO
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramSpanContainerIterator
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.SliceFactory
htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.Utils
htsjdk.samtools.cram.common
htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.CRAMVersion
htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.CramVersions
htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.MutableInt
htsjdk.samtools.cram.compression
htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.BZIP2ExternalCompressor
htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.ExternalCompressor
htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.GZIPExternalCompressor
htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.LZMAExternalCompressor
htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.RANSExternalCompressor
htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.RAWExternalCompressor
htsjdk.samtools.cram.compression.rans
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.ArithmeticDecoder
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Constants
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D04
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D14
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E04
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E14
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.FC
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Frequencies
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANS
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANSDecodingSymbol
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANSEncodingSymbol
htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Utils
htsjdk.samtools.cram.digest
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.AbstractSerialDigest
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.ByteSumCombine
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.Combine
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.ContentDigests
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.Crc32Hasher
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.IntegerSumCombine
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.MessageDigestHasher
htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.SERIES
htsjdk.samtools.cram.encoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.EncodingFactory
htsjdk.samtools.cram.encoding.core
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CoreCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanBitCode
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanCanoncialCodeGenerator
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanLeaf
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanNode
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanParams
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanParamsCalculator
htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanTree
htsjdk.samtools.cram.encoding.external
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongCodec
htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongEncoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.reader
htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.CramRecordReader
htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.DataSeriesReader
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.BaseQualityScore
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Bases
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Deletion
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.HardClip
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.InsertBase
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Insertion
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Padding
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadBase
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadFeature
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.RefSkip
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Scores
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.SoftClip
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Substitution
htsjdk.samtools.cram.encoding.writer
htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.CramRecordWriter
htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.DataSeriesWriter
htsjdk.samtools.cram.io
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.BitInputStream
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.BitOutputStream
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CRC32InputStream
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CRC32OutputStream
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CountingInputStream
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CramInt
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CramIntArray
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitInputStream
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitOutputStream
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.ITF8
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.InputStreamUtils
htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.LTF8
htsjdk.samtools.cram.ref
htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.CRAMLazyReferenceSource
htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.CRAMReferenceSource
htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.EnaRefService
htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.GaveUpException
htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContext
htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContextType
htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceSource
htsjdk.samtools.cram.structure
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.AlignmentContext
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.AlignmentSpan
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMCompressionRecord
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMEncodingStrategy
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMRecordReadFeatures
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeader
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeaderEncodingMap
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CompressorCache
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.Container
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.ContainerHeader
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CramHeader
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeries
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeriesType
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingDescriptor
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingID
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.ReadTag
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.Slice
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocks
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocksReadStreams
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocksWriteStreams
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionBase
htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionMatrix
htsjdk.samtools.cram.structure.block
htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.Block
htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockCompressionMethod
htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockContentType
htsjdk.samtools.example
htsjdk.samtools.example.htsjdk.samtools.example.ExampleSamUsage
htsjdk.samtools.example.htsjdk.samtools.example.PrintReadsExample
htsjdk.samtools.fastq
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.AsyncFastqWriter
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.BasicFastqWriter
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqConstants
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqEncoder
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqReader
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqRecord
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriter
htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriterFactory
htsjdk.samtools.filter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AbstractJavascriptFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FilteringSamIterator
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.InsertSizeFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.IntervalKeepPairFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.InvertFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.JavascriptSamRecordFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.MappingQualityFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.OverclippedReadFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.TagFilter
htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter
htsjdk.samtools.liftover
htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.Chain
htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.LiftOver
htsjdk.samtools.metrics
htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.Header
htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricBase
htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricsFile
htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.VersionHeader
htsjdk.samtools.reference
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.AbstractFastaSequenceFile
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.AbstractIndexedFastaSequenceFile
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.BlockCompressedIndexedFastaSequenceFile
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriter
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriterBuilder
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceFile
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndex
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexCreator
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexEntry
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequence
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFile
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileFactory
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileWalker
htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.SamLocusAndReferenceIterator
htsjdk.samtools.seekablestream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ByteArraySeekableStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ISeekableStreamFactory
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ReadableSeekableStreamByteChannel
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableBufferedStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStreamHelper
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFileStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableHTTPStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableMemoryStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekablePathStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStream
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStreamFactory
htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.UserPasswordInput
htsjdk.samtools.sra
htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.ReferenceCache
htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAAccession
htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAAlignmentIterator
htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAIndexedSequenceFile
htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRALazyRecord
htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAUnalignmentIterator
htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAUtils
htsjdk.samtools.util
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractAsyncWriter
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractLocusInfo
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractLocusIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractProgressLogger
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractRecordAndOffset
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsciiWriter
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsyncBlockCompressedInputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsyncBufferedIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BinaryCodec
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedFilePointerUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedOutputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedStreamConstants
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockGunzipper
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BufferedLineReader
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CigarUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloseableIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloserUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CodeUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CollectionUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ComparableTuple
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CoordMath
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CoordSpanInputSteam
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CustomGzipOutputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DateParser
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DelegatingIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DiskBackedQueue
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.EdgeReadIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.EdgingRecordAndOffset
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastLineReader
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastqQualityFormat
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FileAppendStreamLRUCache
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FileExtensions
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FormatUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.GZIIndex
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Histogram
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.HttpUtils
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IOUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Interval
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalCodec
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalCoordinateComparator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalList
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalListReferenceSequenceMask
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalListWriter
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTree
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTreeMap
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iso8601Date
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableAdapter
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableOnceIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iterables
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Lazy
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LineReader
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ListMap
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Locatable
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocationAware
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Locus
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusComparator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusImpl
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Log
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingInputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingOutputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.MergingIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Murmur3
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.OverlapDetector
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekableIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PositionalOutputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProcessExecutor
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLogger
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLoggerInterface
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityEncodingDetector
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ReferenceSequenceMask
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RelativeIso8601Date
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMap
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMapFunctor
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeEOFException
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeScriptException
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SAMRecordPrefetchingIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamConstants
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamLocusIterator
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordIntervalIteratorFactory
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordTrackingBuffer
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SequenceUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SnappyLoader
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SnappyLoaderInternal
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SolexaQualityConverter
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingCollection
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingLongCollection
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StopWatch
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringLineReader
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TempStreamFactory
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TerminatorlessBlockCompressedOutputStream
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TestUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TrimmingUtil
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Tuple
htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.WholeGenomeReferenceSequenceMask
htsjdk.samtools.util.ftp
htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPClient
htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPReply
htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPStream
htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPUtils
htsjdk.samtools.util.htsget
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetClass
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetErrorResponse
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetFormat
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetMalformedResponseException
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetPOSTRequest
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetRequest
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetRequestField
htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetResponse
htsjdk.samtools.util.nio
htsjdk.samtools.util.nio.htsjdk.samtools.util.nio.DeleteOnExitPathHook
htsjdk.samtools.util.zip
htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.DeflaterFactory
htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.InflaterFactory
htsjdk.tribble
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureCodec
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureReader
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AsciiFeatureCodec
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.BinaryFeatureCodec
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.CloseableTribbleIterator
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Feature
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodec
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodecHeader
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureReader
htsjdk.tribble.IntervalList
htsjdk.tribble.IntervalList.htsjdk.tribble.IntervalList.IntervalListCodec
htsjdk.tribble
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.MutableFeature
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.NameAwareCodec
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.NamedFeature
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.SimpleFeature
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TabixFeatureReader
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Tribble
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleException
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleIndexedFeatureReader
htsjdk.tribble.annotation
htsjdk.tribble.annotation.htsjdk.tribble.annotation.Strand
htsjdk.tribble.bed
htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDCodec
htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDFeature
htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.FullBEDFeature
htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.SimpleBEDFeature
htsjdk.tribble.example
htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.CountRecords
htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ExampleBinaryCodec
htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndexToTable
htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndicesAreEqual
htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ProfileIndexReading
htsjdk.tribble.exception
htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.CodecLineParsingException
htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.UnsortedFileException
htsjdk.tribble.gff
htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3BaseData
htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Codec
htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Constants
htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Feature
htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3FeatureImpl
htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Writer
htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.SequenceRegion
htsjdk.tribble.index
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.AbstractIndex
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Block
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.ChrIndex
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.DynamicIndexCreator
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Index
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexCreator
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexFactory
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.MutableIndex
htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.TribbleIndexCreator
htsjdk.tribble.index.interval
htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.Interval
htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalIndexCreator
htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTree
htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTreeIndex
htsjdk.tribble.index.linear
htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndex
htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndexCreator
htsjdk.tribble.index.tabix
htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.AllRefsTabixIndexCreator
htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.StreamBasedTabixIndexCreator
htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixFormat
htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndex
htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexCreator
htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexMerger
htsjdk.tribble.readers
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReader
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReaderIterator
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.BlockCompressedAsciiLineReader
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIterator
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIteratorImpl
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineReader
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LongLineBufferedReader
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.Positional
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.PositionalBufferedStream
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.SynchronousLineReader
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixIteratorLineReader
htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixReader
htsjdk.tribble
htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.readme.txt
htsjdk.tribble.util
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.FTPHelper
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.HTTPHelper
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianInputStream
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianOutputStream
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.MathUtils
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.ParsingUtils
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.RemoteURLHelper
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.TabixUtils
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.URLHelper
htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.URLHelperFactory
htsjdk.tribble.util.popgen
htsjdk.tribble.util.popgen.htsjdk.tribble.util.popgen.HardyWeinbergCalculation
htsjdk.utils
htsjdk.utils.htsjdk.utils.ClassFinder
htsjdk.utils.htsjdk.utils.ValidationUtils
htsjdk.variant.bcf2
htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Codec
htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Decoder
htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2GenotypeFieldDecoders
htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2LazyGenotypesDecoder
htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Type
htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Utils
htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCFVersion
htsjdk.variant.example
htsjdk.variant.example.htsjdk.variant.example.PrintVariantsExample
htsjdk.variant.utils
htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.BinomialCoefficientUtil
htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.GeneralUtils
htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.SAMSequenceDictionaryExtractor
htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.VCFHeaderReader
htsjdk.variant.variantcontext
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Allele
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.CommonInfo
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.FastGenotype
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Genotype
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeBuilder
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeJEXLContext
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeLikelihoods
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeNumLikelihoodsCache
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeType
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypesContext
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.JEXLMap
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.JexlMissingValueTreatment
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.LazyGenotypesContext
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.SimpleAllele
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.StructuralVariantType
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextComparator
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextUtils
htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantJEXLContext
htsjdk.variant.variantcontext.filter
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.CompoundFilter
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringIterator
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringVariantContextIterator
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.GenotypeQualityFilter
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.HeterozygosityFilter
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.JavascriptVariantFilter
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.PassingVariantFilter
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.SnpFilter
htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.VariantContextFilter
htsjdk.variant.variantcontext.writer
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.AsyncVariantContextWriter
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Encoder
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldEncoder
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriter
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriterManager
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Writer
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IndexingVariantContextWriter
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IntGenotypeFieldAccessors
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.Options
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriterBase
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VCFWriter
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriter
htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterBuilder
htsjdk.variant.vcf
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.AbstractVCFCodec
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCF3Codec
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFAltHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCodec
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCompoundHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFConstants
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFContigHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFEncoder
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFilterHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFormatHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeader
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineCount
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineTranslator
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineType
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderVersion
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIDHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFInfoHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIterator
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIteratorBuilder
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFMetaHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPassThruTextTransformer
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPedigreeHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPercentEncodedTextTransformer
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFReader
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFRecordCodec
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFSampleHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFSimpleHeaderLine
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFStandardHeaderLines
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFTextTransformer
htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFUtils




© 2015 - 2024 Weber Informatics LLC | Privacy Policy