Download Genotype-IO JAR 1.0.0 with all dependencies

Files of the artifact Genotype-IO version 1.0.0 from the group nl.systemsgenetics.

Artifact Genotype-IO
Group nl.systemsgenetics
Version 1.0.0

Please rate this JAR file. Is it a good library?

0 downloads

Source code of Genotype-IO version 1.0.0

META-INF

META-INF.META-INF.MANIFEST.MF

.log4j.properties

org.molgenis.genotype

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.AbstractGenotypeData

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.AbstractRandomAccessGenotypeData

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.Allele

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.Alleles

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypeData

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypeDataException

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypeDataIndex

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypeFileType

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypeInfo

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypeLoader

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypeWriter

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.GenotypedDataWriterFormats

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.RandomAccessGenotypeData

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.RandomAccessGenotypeDataReaderFormats

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.RawLineQuery

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.RawLineQueryResult

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.Sample

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.Sequence

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.SimpleSequence

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.VariantQuery

org.molgenis.genotype.org.molgenis.genotype.VariantQueryResult

org.molgenis.genotype.annotation

org.molgenis.genotype.annotation.org.molgenis.genotype.annotation.Annotation

org.molgenis.genotype.annotation.org.molgenis.genotype.annotation.CaseControlAnnotation

org.molgenis.genotype.annotation.org.molgenis.genotype.annotation.SampleAnnotation

org.molgenis.genotype.annotation.org.molgenis.genotype.annotation.SexAnnotation

org.molgenis.genotype.annotation.org.molgenis.genotype.annotation.VcfAnnotation

org.molgenis.genotype.editable

org.molgenis.genotype.editable.org.molgenis.genotype.editable.EditableGenotypeDosageSampleVariantsProvider

org.molgenis.genotype.editable.org.molgenis.genotype.editable.EditableSampleVariantsProvider

org.molgenis.genotype.editable.org.molgenis.genotype.editable.GenotypeDataCustomVariantProvider

org.molgenis.genotype.editable.org.molgenis.genotype.editable.GenotypeDataEditableProbabilities

org.molgenis.genotype.editable.org.molgenis.genotype.editable.VariantInformation

org.molgenis.genotype.examples

org.molgenis.genotype.examples.org.molgenis.genotype.examples.BasicUsage

org.molgenis.genotype.examples.org.molgenis.genotype.examples.Compare2TrityperDatasets

org.molgenis.genotype.examples.org.molgenis.genotype.examples.FilteringSamplesAndVariants

org.molgenis.genotype.modifiable

org.molgenis.genotype.modifiable.org.molgenis.genotype.modifiable.GenotypeModificationException

org.molgenis.genotype.modifiable.org.molgenis.genotype.modifiable.ModifiableGeneticVariant

org.molgenis.genotype.modifiable.org.molgenis.genotype.modifiable.ModifiableGeneticVariantIterator

org.molgenis.genotype.modifiable.org.molgenis.genotype.modifiable.ModifiableGenotypeData

org.molgenis.genotype.modifiable.org.molgenis.genotype.modifiable.ModifiableGenotypeDataInMemory

org.molgenis.genotype.multipart

org.molgenis.genotype.multipart.org.molgenis.genotype.multipart.IncompatibleMultiPartGenotypeDataException

org.molgenis.genotype.multipart.org.molgenis.genotype.multipart.MultiPartGenotypeData

org.molgenis.genotype.multipart.org.molgenis.genotype.multipart.MultiPartSequencesIterable

org.molgenis.genotype.multipart.org.molgenis.genotype.multipart.MultiPartVariantsIterable

org.molgenis.genotype.oxford

org.molgenis.genotype.oxford.org.molgenis.genotype.oxford.BgenGenotypeData

org.molgenis.genotype.oxford.org.molgenis.genotype.oxford.GenGenotypeData

org.molgenis.genotype.oxford.org.molgenis.genotype.oxford.GenGenotypeWriter

org.molgenis.genotype.oxford.org.molgenis.genotype.oxford.HapsGenotypeData

org.molgenis.genotype.oxford.org.molgenis.genotype.oxford.HapsGenotypeWriter

org.molgenis.genotype.oxford.org.molgenis.genotype.oxford.OxfordSampleFile

org.molgenis.genotype.oxford.org.molgenis.genotype.oxford.OxfordSampleFileWriter

org.molgenis.genotype.plink

org.molgenis.genotype.plink.org.molgenis.genotype.plink.BedBimFamGenotypeData

org.molgenis.genotype.plink.org.molgenis.genotype.plink.BedBimFamGenotypeWriter

org.molgenis.genotype.plink.org.molgenis.genotype.plink.PedMapGenotypeData

org.molgenis.genotype.plink.org.molgenis.genotype.plink.PedMapGenotypeWriter

org.molgenis.genotype.plink.org.molgenis.genotype.plink.PlinkFileParser

org.molgenis.genotype.plink.org.molgenis.genotype.plink.PlinkSampleAnnotations

org.molgenis.genotype.plink.datatypes

org.molgenis.genotype.plink.datatypes.org.molgenis.genotype.plink.datatypes.MapEntry

org.molgenis.genotype.plink.datatypes.org.molgenis.genotype.plink.datatypes.PedEntry

org.molgenis.genotype.plink.drivers

org.molgenis.genotype.plink.drivers.org.molgenis.genotype.plink.drivers.MapFileDriver

org.molgenis.genotype.plink.drivers.org.molgenis.genotype.plink.drivers.PedFileDriver

org.molgenis.genotype.plink.readers

org.molgenis.genotype.plink.readers.org.molgenis.genotype.plink.readers.MapFileReader

org.molgenis.genotype.sampleFilter

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.ConvertToSampleFilterIterable

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.ConvertToSampleFilterIterator

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.SampleCombinedFilter

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.SampleFilter

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.SampleFilterableGenotypeData

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.SampleFilterableGenotypeDataDecorator

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.SampleFilteredReadOnlyGeneticVariant

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.SampleIdIncludeFilter

org.molgenis.genotype.sampleFilter.org.molgenis.genotype.sampleFilter.SampleIncludedFilter

org.molgenis.genotype.snpeff

org.molgenis.genotype.snpeff.org.molgenis.genotype.snpeff.SnpEffAnnotationTranslator

org.molgenis.genotype.snpeff.org.molgenis.genotype.snpeff.SnpEffEffect

org.molgenis.genotype.tabix

org.molgenis.genotype.tabix.org.molgenis.genotype.tabix.TabixFileNotFoundException

org.molgenis.genotype.tabix.org.molgenis.genotype.tabix.TabixIndex

org.molgenis.genotype.tabix.org.molgenis.genotype.tabix.TabixQuery

org.molgenis.genotype.tabix.org.molgenis.genotype.tabix.TabixQueryResult

org.molgenis.genotype.tabix.org.molgenis.genotype.tabix.TabixRawLineQuery

org.molgenis.genotype.tabix.org.molgenis.genotype.tabix.TabixRawLineQueryResult

org.molgenis.genotype.table

org.molgenis.genotype.table.org.molgenis.genotype.table.TableGenotypeWriter

org.molgenis.genotype.trityper

org.molgenis.genotype.trityper.org.molgenis.genotype.trityper.TriTyperAlleleAnnotation

org.molgenis.genotype.trityper.org.molgenis.genotype.trityper.TriTyperGenotypeData

org.molgenis.genotype.trityper.org.molgenis.genotype.trityper.TriTyperGenotypeWriter

org.molgenis.genotype.util

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.Cache

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.CalledDosageConvertor

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.ChrPos

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.ChromosomeComparator

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.FixedSizeIterable

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.GenotypeCountCalculator

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.GenotypeDataCompareTool

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.Ld

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.LdCalculator

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.LdCalculatorException

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.MachR2Calculator

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.MafCalculator

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.MafResult

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.ProbabilitiesConvertor

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.RecordIteratorCreators

org.molgenis.genotype.util.org.molgenis.genotype.util.Utils

org.molgenis.genotype.variant

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.AbstractGeneticVariant

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GeneticVariant

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GeneticVariantChrPosComparator

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GeneticVariantMeta

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GeneticVariantMetaMap

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GenotypeRecord

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GenotypeRecordGt

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GenotypeRecordMap

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.GenotypeRecordProb

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.IllegalReferenceAlleleException

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.NotASnpException

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.ReadOnlyGeneticVariant

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.ReadOnlyGeneticVariantTriTyper

org.molgenis.genotype.variant.org.molgenis.genotype.variant.VariantLineMapper

org.molgenis.genotype.variant.id

org.molgenis.genotype.variant.id.org.molgenis.genotype.variant.id.BlankGeneticVariantId

org.molgenis.genotype.variant.id.org.molgenis.genotype.variant.id.GeneticVariantId

org.molgenis.genotype.variant.id.org.molgenis.genotype.variant.id.ListGeneticVariantId

org.molgenis.genotype.variant.id.org.molgenis.genotype.variant.id.SingleGeneticVariantId

org.molgenis.genotype.variant.range

org.molgenis.genotype.variant.range.org.molgenis.genotype.variant.range.GeneticVariantRange

org.molgenis.genotype.variant.range.org.molgenis.genotype.variant.range.GeneticVariantRangeSubIterable

org.molgenis.genotype.variant.range.org.molgenis.genotype.variant.range.GeneticVariantRangeSubIterator

org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider

org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.CachedSampleVariantProvider

org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.SampleVariantUniqueIdProvider

org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.SampleVariantsProvider

org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.org.molgenis.genotype.variant.sampleProvider.SwappingSampleVariantsProvider

org.molgenis.genotype.variantFilter

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.RandomAccessGenotypeDataVariantQc

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantCombinedFilter

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilter

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterBiAllelic

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterIsSnp

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterIterable

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterIterator

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterMachR2

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterSeq

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterSeqPos

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterableGenotypeData

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantFilterableGenotypeDataDecorator

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantIdIncludeFilter

org.molgenis.genotype.variantFilter.org.molgenis.genotype.variantFilter.VariantQcChecker

org.molgenis.genotype.vcf

org.molgenis.genotype.vcf.org.molgenis.genotype.vcf.VcfGeneticVariantMeta

org.molgenis.genotype.vcf.org.molgenis.genotype.vcf.VcfGenotypeData

org.molgenis.genotype.vcf.org.molgenis.genotype.vcf.VcfGenotypeRecord

org.molgenis.genotype.vcf.org.molgenis.genotype.vcf.VcfVariantLineMapper

org.molgenis.vcf

org.molgenis.vcf.org.molgenis.vcf.VcfInfo

org.molgenis.vcf.org.molgenis.vcf.VcfReader

org.molgenis.vcf.org.molgenis.vcf.VcfRecord

org.molgenis.vcf.org.molgenis.vcf.VcfRecordReader

org.molgenis.vcf.org.molgenis.vcf.VcfSample

org.molgenis.vcf.meta

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMeta

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaAlt

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaContig

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaEntry

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaFilter

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaFormat

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaInfo

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaParser

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaPedigree

org.molgenis.vcf.meta.org.molgenis.vcf.meta.VcfMetaSample