Download htsjdk JAR 1.118 with all dependencies

Files of the artifact htsjdk version 1.118 from the group org.seqdoop.

Artifact htsjdk
Group org.seqdoop
Version 1.118

Please rate this JAR file. Is it a good library?

7 downloads

Source code of htsjdk version 1.118

META-INF

META-INF.META-INF.MANIFEST.MF

htsjdk.samtools

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AlignmentBlock

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileConstants

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexContent

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecordCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamFileIoUtils

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamIndexValidator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Bin

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinList

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryBAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryCigarCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryTagCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexContent

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CachingBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Chunk

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Cigar

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarElement

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarOperator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ComparableSamRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Defaults

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DiskBasedBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.FileTruncatedException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.FixBAMFile

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.LinearIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.NotPrimarySkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.QueryInterval

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ReservedTagConstants

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndUnsignedArrayValue

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileHeader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSource

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSpan

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileTruncatedReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFormatException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMLineParser

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMProgramRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTagUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTestUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTools

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMUtils

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMValidationError

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SQTagUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileValidator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFiles

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamInputResource

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamPairUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReaderFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamStreams

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.StreamInflatingIndexingOutputStream

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextCigarCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextTagCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextualBAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ValidationStringency

htsjdk.samtools.apps

htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeChannel

htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeRandomAccessFile

htsjdk.samtools.example

htsjdk.samtools.example.htsjdk.samtools.example.ExampleSamUsage

htsjdk.samtools.fastq

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.AsyncFastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.BasicFastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqConstants

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqReader

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqRecord

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriterFactory

htsjdk.samtools.filter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.TagFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter

htsjdk.samtools.liftover

htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.Chain

htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.LiftOver

htsjdk.samtools.metrics

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.Header

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricBase

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricsFile

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.StringHeader

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.VersionHeader

htsjdk.samtools.reference

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.AbstractFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndex

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequence

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileFactory

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileWalker

htsjdk.samtools.seekablestream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ISeekableStreamFactory

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableBufferedStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStreamHelper

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFileStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableHTTPStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStreamFactory

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.UserPasswordInput

htsjdk.samtools.util

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractAsyncWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsciiWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BinaryCodec

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedFilePointerUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedStreamConstants

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockGunzipper

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BufferedLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CigarUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloseableIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloserUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CollectionUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CoordMath

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DateParser

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DelegatingIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastqQualityFormat

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FileAppendStreamLRUCache

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FormatUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Histogram

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.HttpUtils

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IOUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Interval

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalList

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalListReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTree

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTreeMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iso8601Date

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableAdapter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableOnceIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iterables

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Lazy

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ListMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocationAware

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Locus

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusComparator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusImpl

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Log

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.MergingIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.OverlapDetector

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekableIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProcessExecutor

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLogger

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLoggerInterface

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityEncodingDetector

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RelativeIso8601Date

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMapFunctor

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeEOFException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamLocusIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordIntervalIteratorFactory

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SequenceUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SnappyLoader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SolexaQualityConverter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingCollection

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingLongCollection

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StopWatch

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TempStreamFactory

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TestUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Tuple

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.WholeGenomeReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.ftp

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPClient

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPReply

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPStream

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPUtils

htsjdk.samtools.util.zip

htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.DeflaterFactory

htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.IntelDeflater

htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.ZStreamRef

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureReader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AsciiFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.BasicFeature

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.BinaryFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.CloseableTribbleIterator

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Feature

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodecHeader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureReader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.NameAwareCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TabixFeatureReader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleException

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleIndexedFeatureReader

htsjdk.tribble.annotation

htsjdk.tribble.annotation.htsjdk.tribble.annotation.Strand

htsjdk.tribble.bed

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDCodec

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDFeature

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.FullBEDFeature

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.SimpleBEDFeature

htsjdk.tribble.dbsnp

htsjdk.tribble.dbsnp.htsjdk.tribble.dbsnp.OldDbSNPCodec

htsjdk.tribble.dbsnp.htsjdk.tribble.dbsnp.OldDbSNPFeature

htsjdk.tribble.example

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.CountRecords

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ExampleBinaryCodec

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndexToTable

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndicesAreEqual

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ProfileIndexReading

htsjdk.tribble.exception

htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.CodecLineParsingException

htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.UnsortedFileException

htsjdk.tribble.gelitext

htsjdk.tribble.gelitext.htsjdk.tribble.gelitext.DiploidGenotype

htsjdk.tribble.gelitext.htsjdk.tribble.gelitext.GeliTextCodec

htsjdk.tribble.gelitext.htsjdk.tribble.gelitext.GeliTextFeature

htsjdk.tribble.index

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.AbstractIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Block

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.ChrIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.DynamicIndexCreator

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Index

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexCreator

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexFactory

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.MutableIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.TribbleIndexCreator

htsjdk.tribble.index.interval

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.Interval

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalIndexCreator

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTree

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTreeIndex

htsjdk.tribble.index.linear

htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndex

htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndexCreator

htsjdk.tribble.index.tabix

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixFormat

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndex

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexCreator

htsjdk.tribble.readers

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReaderIterator

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsynchronousLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIterator

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIteratorImpl

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineReaderUtil

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LongLineBufferedReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.Positional

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.PositionalBufferedStream

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixIteratorLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixReader

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.readme.txt

htsjdk.tribble.util

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.FTPHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.HTTPHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianInputStream

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianOutputStream

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.MathUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.ParsingUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.RemoteURLHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.TabixUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.URLHelper

htsjdk.tribble.util.popgen

htsjdk.tribble.util.popgen.htsjdk.tribble.util.popgen.HardyWeinbergCalculation

htsjdk.variant.bcf2

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Codec

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Decoder

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2GenotypeFieldDecoders

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2LazyGenotypesDecoder

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Type

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Utils

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCFVersion

htsjdk.variant.utils

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.GeneralUtils

htsjdk.variant.variantcontext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Allele

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.CommonInfo

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.FastGenotype

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Genotype

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeBuilder

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeLikelihoods

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeType

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypesContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.JEXLMap

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.LazyGenotypesContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextComparator

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextUtils

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantJEXLContext

htsjdk.variant.variantcontext.writer

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.AsyncVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Encoder

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldEncoder

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriterManager

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Writer

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IndexingVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IntGenotypeFieldAccessors

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.Options

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriterBase

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VCFWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterBuilder

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterFactory

htsjdk.variant.vcf

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.AbstractVCFCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCF3Codec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCompoundHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFConstants

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFContigHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFEncoder

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFilterHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFormatHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeader

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineCount

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineTranslator

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineType

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderVersion

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIDHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFInfoHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFRecordCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFSimpleHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFStandardHeaderLines

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFUtils