All Downloads are FREE. Search and download functionalities are using the official Maven repository.

Search JAR files by class name

Download htsjdk JAR 4.0.0 with all dependencies

A Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

Files of the artifact htsjdk version 4.0.0 from the group com.github.samtools.

Test

Artifact htsjdk
Group com.github.samtools
Version 4.0.0
Last update 03. August 2023
Tags: high java formats data throughput sequencing
Organization not specified
URL https://samtools.github.io/htsjdk/
License MIT License
Dependencies amount 6
Dependencies commons-jexl, commons-logging, snappy-java, commons-compress, xz, ngs-java,
There are maybe transitive dependencies!

There is a newer version: 4.1.3

Show newest version

Show more of this group Show more artifacts with this name
Show all versions of htsjdk Show documentation

Please rate this JAR file. Is it a good library?

44 downloads

Source code of htsjdk version 4.0.0

META-INF

META-INF.META-INF.MANIFEST.MF

META-INF.services

META-INF.services.META-INF.services.htsjdk.beta.plugin.HtsCodec

htsjdk.annotations

htsjdk.annotations.htsjdk.annotations.BetaAPI

htsjdk.annotations.htsjdk.annotations.InternalAPI

htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta

htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.FASTACodecV1_0

htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.FASTADecoderV1_0

htsjdk.beta.codecs

htsjdk.beta.codecs.htsjdk.beta.codecs.package-info

htsjdk.beta.codecs.reads

htsjdk.beta.codecs.reads.htsjdk.beta.codecs.reads.ReadsCodecUtils

htsjdk.beta.codecs.reads.bam

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMCodec

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMDecoder

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMDecoderOptions

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMEncoder

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMEncoderOptions

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMCodecV1_0

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMDecoderV1_0

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMEncoderV1_0

htsjdk.beta.codecs.reads.cram

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMCodec

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMDecoder

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMDecoderOptions

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMEncoder

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMEncoderOptions

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMCodecV2_1

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMDecoderV2_1

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMEncoderV2_1

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMCodecV3_0

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMDecoderV3_0

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMEncoderV3_0

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.HtsgetBAMCodec

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.HtsgetBAMDecoder

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.HtsgetBAMCodecV1_2

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.HtsgetBAMDecoderV1_2

htsjdk.beta.codecs.reads.sam

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMCodec

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMDecoder

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMEncoder

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMCodecV1_0

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMDecoderV1_0

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMEncoderV1_0

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFCodec

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFDecoder

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFEncoder

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VariantsCodecUtils

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFCodecV3_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFDecoderV3_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFEncoderV3_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFCodecV3_3

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFDecoderV3_3

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFEncoderV3_3

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFCodecV4_0

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFDecoderV4_0

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFEncoderV4_0

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFCodecV4_1

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFDecoderV4_1

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFEncoderV4_1

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFCodecV4_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFDecoderV4_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFEncoderV4_2

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.VCFCodecV4_3

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.VCFDecoderV4_3

htsjdk.beta.exception

htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkException

htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkIOException

htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkPluginException

htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.HtsjdkUnsupportedOperationException

htsjdk.beta.exception.htsjdk.beta.exception.package-info

htsjdk.beta.io

htsjdk.beta.io.htsjdk.beta.io.IOPathUtils

htsjdk.beta.io.bundle

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.Bundle

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleBuilder

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleJSON

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleResource

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleResourceBase

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.BundleResourceType

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.IOPathResource

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.InputStreamResource

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.OutputStreamResource

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.SeekableStreamResource

htsjdk.beta.io.bundle.htsjdk.beta.io.bundle.SignatureStream

htsjdk.beta.io

htsjdk.beta.io.htsjdk.beta.io.package-info

htsjdk.beta

htsjdk.beta.htsjdk.beta.package-info

htsjdk.beta.plugin

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsCodec

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsContentType

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsDecoder

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsDecoderOptions

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsEncoder

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsEncoderOptions

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsHeader

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsRecord

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.HtsVersion

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.IOUtils

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.Upgradeable

htsjdk.beta.plugin.hapref

htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HapRefDecoderOptions

htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceCodec

htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceDecoder

htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceDecoderOptions

htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceEncoder

htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceEncoderOptions

htsjdk.beta.plugin.hapref.htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceFormats

htsjdk.beta.plugin.interval

htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsInterval

htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsIntervalUtils

htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQuery

htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQueryInterval

htsjdk.beta.plugin.interval.htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQueryRule

htsjdk.beta.plugin

htsjdk.beta.plugin.htsjdk.beta.plugin.package-info

htsjdk.beta.plugin.reads

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsBundle

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsCodec

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsDecoder

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsDecoderOptions

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsEncoder

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsEncoderOptions

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsFormats

htsjdk.beta.plugin.reads.htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsQuery

htsjdk.beta.plugin.registry

htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HaploidReferenceResolver

htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HtsCodecRegistry

htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HtsCodecResolver

htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.HtsDefaultRegistry

htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.ReadsResolver

htsjdk.beta.plugin.registry.htsjdk.beta.plugin.registry.VariantsResolver

htsjdk.beta.plugin.variants

htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsCodec

htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsDecoder

htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsDecoderOptions

htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsEncoder

htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsEncoderOptions

htsjdk.beta.plugin.variants.htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsFormats

htsjdk.io

htsjdk.io.htsjdk.io.AsyncWriterPool

htsjdk.io.htsjdk.io.HtsPath

htsjdk.io.htsjdk.io.IOPath

htsjdk.io.htsjdk.io.Writer

htsjdk.samtools

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AlignmentBlock

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileConstants

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileSpan

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexContent

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexMerger

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMIteratorFilter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMQueryMultipleIntervalsIteratorFilter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMRecordCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMSBIIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMStartingAtIteratorFilter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BAMStreamWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamFileIoUtils

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BamIndexValidator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Bin

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinList

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinWithOffset

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryBAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryCigarCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinaryTagCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BinningIndexContent

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMBAIIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMCRAIIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMContainerStreamWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMIndexer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CRAMIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CSIIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CachingBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CachingBamFileIndexOptimizedForMerging

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ChainedDownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Chunk

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Cigar

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarElement

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CigarOperator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ComparableSamRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CompressedIndexFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ConstantMemoryDownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.CustomReaderFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.Defaults

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DiskBasedBAMFileIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DownsamplingIteratorFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateSet

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.DuplicateSetIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.FileTruncatedException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.HighAccuracyDownsamplingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.HtsgetBAMFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexFileBufferFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexMerger

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.IndexStreamBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.LinearIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.MemoryMappedFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.NotPrimarySkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.QueryInterval

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.RandomAccessFileBuffer

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ReservedTagConstants

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndUnsignedArrayValue

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileHeader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSource

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileSpan

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFlag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMFormatException

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMLineParser

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMProgramRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordDuplicateComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordQueryHashComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionaryCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTagUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTestUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMTextWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMUtils

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SAMValidationError

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndexMerger

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SBIIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SQTagUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAFileReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAIndex

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SRAIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFileValidator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFiles

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamFlagField

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamIndexes

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamInputResource

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamPairUtil

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReader

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamReaderFactory

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SamStreams

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SecondaryAlignmentSkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.StreamInflatingIndexingOutputStream

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextCigarCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextTagCodec

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.TextualBAMIndexWriter

htsjdk.samtools.htsjdk.samtools.ValidationStringency

htsjdk.samtools.apps

htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeChannel

htsjdk.samtools.apps.htsjdk.samtools.apps.TimeRandomAccessFile

htsjdk.samtools.cram

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.BAIEntry

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIEntry

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIIndex

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAIIndexMerger

htsjdk.samtools.cram.htsjdk.samtools.cram.CRAMException

htsjdk.samtools.cram.build

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CRAMReferenceRegion

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CompressionHeaderFactory

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.ContainerFactory

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerHeaderIterator

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerIterator

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramIO

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.CramSpanContainerIterator

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.SliceFactory

htsjdk.samtools.cram.build.htsjdk.samtools.cram.build.Utils

htsjdk.samtools.cram.common

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.CRAMVersion

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.CramVersions

htsjdk.samtools.cram.common.htsjdk.samtools.cram.common.MutableInt

htsjdk.samtools.cram.compression

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.BZIP2ExternalCompressor

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.ExternalCompressor

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.GZIPExternalCompressor

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.LZMAExternalCompressor

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.RANSExternalCompressor

htsjdk.samtools.cram.compression.htsjdk.samtools.cram.compression.RAWExternalCompressor

htsjdk.samtools.cram.compression.rans

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.ArithmeticDecoder

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Constants

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D04

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D14

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E04

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E14

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.FC

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Frequencies

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANS

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANSDecodingSymbol

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANSEncodingSymbol

htsjdk.samtools.cram.compression.rans.htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Utils

htsjdk.samtools.cram.digest

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.AbstractSerialDigest

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.ByteSumCombine

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.Combine

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.ContentDigests

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.Crc32Hasher

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.IntegerSumCombine

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.MessageDigestHasher

htsjdk.samtools.cram.digest.htsjdk.samtools.cram.digest.SERIES

htsjdk.samtools.cram.encoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.htsjdk.samtools.cram.encoding.EncodingFactory

htsjdk.samtools.cram.encoding.core

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CoreCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanBitCode

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanCanoncialCodeGenerator

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanLeaf

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanNode

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanParams

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanParamsCalculator

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanTree

htsjdk.samtools.cram.encoding.external

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongCodec

htsjdk.samtools.cram.encoding.external.htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongEncoding

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.CramRecordReader

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.DataSeriesReader

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.BaseQualityScore

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Bases

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Deletion

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.HardClip

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.InsertBase

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Insertion

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Padding

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadBase

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadFeature

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.RefSkip

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Scores

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.SoftClip

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Substitution

htsjdk.samtools.cram.encoding.writer

htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.CramRecordWriter

htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.DataSeriesWriter

htsjdk.samtools.cram.io

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.BitInputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.BitOutputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CRC32InputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CRC32OutputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CountingInputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CramInt

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.CramIntArray

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitInputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitOutputStream

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.ITF8

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.InputStreamUtils

htsjdk.samtools.cram.io.htsjdk.samtools.cram.io.LTF8

htsjdk.samtools.cram.ref

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.CRAMLazyReferenceSource

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.CRAMReferenceSource

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.EnaRefService

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.GaveUpException

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContext

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContextType

htsjdk.samtools.cram.ref.htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceSource

htsjdk.samtools.cram.structure

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.AlignmentContext

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.AlignmentSpan

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMCompressionRecord

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMEncodingStrategy

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMRecordReadFeatures

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeader

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeaderEncodingMap

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CompressorCache

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.Container

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.ContainerHeader

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.CramHeader

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeries

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeriesType

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingDescriptor

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingID

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.ReadTag

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.Slice

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocks

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocksReadStreams

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocksWriteStreams

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionBase

htsjdk.samtools.cram.structure.htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionMatrix

htsjdk.samtools.cram.structure.block

htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.Block

htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockCompressionMethod

htsjdk.samtools.cram.structure.block.htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockContentType

htsjdk.samtools.example

htsjdk.samtools.example.htsjdk.samtools.example.ExampleSamUsage

htsjdk.samtools.example.htsjdk.samtools.example.PrintReadsExample

htsjdk.samtools.fastq

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.AsyncFastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.BasicFastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqConstants

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqEncoder

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqReader

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqRecord

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriter

htsjdk.samtools.fastq.htsjdk.samtools.fastq.FastqWriterFactory

htsjdk.samtools.filter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AbstractJavascriptFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.FilteringSamIterator

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.InsertSizeFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.IntervalKeepPairFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.InvertFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.JavascriptSamRecordFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.MappingQualityFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.OverclippedReadFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.TagFilter

htsjdk.samtools.filter.htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter

htsjdk.samtools.liftover

htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.Chain

htsjdk.samtools.liftover.htsjdk.samtools.liftover.LiftOver

htsjdk.samtools.metrics

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.Header

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricBase

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.MetricsFile

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.StringHeader

htsjdk.samtools.metrics.htsjdk.samtools.metrics.VersionHeader

htsjdk.samtools.reference

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.AbstractFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.AbstractIndexedFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.BlockCompressedIndexedFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriter

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriterBuilder

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndex

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexCreator

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexEntry

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequence

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFile

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileFactory

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileWalker

htsjdk.samtools.reference.htsjdk.samtools.reference.SamLocusAndReferenceIterator

htsjdk.samtools.seekablestream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ByteArraySeekableStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ISeekableStreamFactory

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.ReadableSeekableStreamByteChannel

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableBufferedStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStreamHelper

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFileStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableHTTPStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableMemoryStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekablePathStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStream

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStreamFactory

htsjdk.samtools.seekablestream.htsjdk.samtools.seekablestream.UserPasswordInput

htsjdk.samtools.sra

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.ReferenceCache

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAAccession

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAAlignmentIterator

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAIndexedSequenceFile

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRALazyRecord

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAUnalignmentIterator

htsjdk.samtools.sra.htsjdk.samtools.sra.SRAUtils

htsjdk.samtools.util

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractAsyncWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractLocusInfo

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractLocusIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractProgressLogger

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AbstractRecordAndOffset

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsciiWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsyncBlockCompressedInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.AsyncBufferedIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BinaryCodec

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedFilePointerUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockCompressedStreamConstants

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BlockGunzipper

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.BufferedLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CigarUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloseableIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CloserUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CodeUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CollectionUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ComparableTuple

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CoordMath

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CoordSpanInputSteam

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.CustomGzipOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DateParser

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DelegatingIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.DiskBackedQueue

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.EdgeReadIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.EdgingRecordAndOffset

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FastqQualityFormat

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FileAppendStreamLRUCache

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FileExtensions

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.FormatUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.GZIIndex

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Histogram

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.HttpUtils

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IOUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Interval

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalCodec

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalCoordinateComparator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalList

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalListReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalListWriter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTree

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalTreeMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IntervalUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iso8601Date

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableAdapter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.IterableOnceIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Iterables

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Lazy

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ListMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Locatable

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocationAware

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Locus

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusComparator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.LocusImpl

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Log

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingInputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.MergingIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Murmur3

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.OverlapDetector

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PeekableIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.PositionalOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProcessExecutor

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLogger

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ProgressLoggerInterface

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityEncodingDetector

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.QualityUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RelativeIso8601Date

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMap

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMapFunctor

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeEOFException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.RuntimeScriptException

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SAMRecordPrefetchingIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamConstants

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamLocusIterator

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordIntervalIteratorFactory

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordTrackingBuffer

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SequenceUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SnappyLoader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SolexaQualityConverter

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingCollection

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.SortingLongCollection

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StopWatch

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringLineReader

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.StringUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TempStreamFactory

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TerminatorlessBlockCompressedOutputStream

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TestUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.TrimmingUtil

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.Tuple

htsjdk.samtools.util.htsjdk.samtools.util.WholeGenomeReferenceSequenceMask

htsjdk.samtools.util.ftp

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPClient

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPReply

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPStream

htsjdk.samtools.util.ftp.htsjdk.samtools.util.ftp.FTPUtils

htsjdk.samtools.util.htsget

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetClass

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetErrorResponse

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetFormat

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetMalformedResponseException

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetPOSTRequest

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetRequest

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetRequestField

htsjdk.samtools.util.htsget.htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetResponse

htsjdk.samtools.util.nio

htsjdk.samtools.util.nio.htsjdk.samtools.util.nio.DeleteOnExitPathHook

htsjdk.samtools.util.zip

htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.DeflaterFactory

htsjdk.samtools.util.zip.htsjdk.samtools.util.zip.InflaterFactory

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AbstractFeatureReader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.AsciiFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.BinaryFeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.CloseableTribbleIterator

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Feature

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureCodecHeader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.FeatureReader

htsjdk.tribble.IntervalList

htsjdk.tribble.IntervalList.htsjdk.tribble.IntervalList.IntervalListCodec

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.MutableFeature

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.NameAwareCodec

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.SimpleFeature

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TabixFeatureReader

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.Tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleException

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.TribbleIndexedFeatureReader

htsjdk.tribble.annotation

htsjdk.tribble.annotation.htsjdk.tribble.annotation.Strand

htsjdk.tribble.bed

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDCodec

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.BEDFeature

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.FullBEDFeature

htsjdk.tribble.bed.htsjdk.tribble.bed.SimpleBEDFeature

htsjdk.tribble.example

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.CountRecords

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ExampleBinaryCodec

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndexToTable

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.IndicesAreEqual

htsjdk.tribble.example.htsjdk.tribble.example.ProfileIndexReading

htsjdk.tribble.exception

htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.CodecLineParsingException

htsjdk.tribble.exception.htsjdk.tribble.exception.UnsortedFileException

htsjdk.tribble.gff

htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3BaseData

htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Codec

htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Constants

htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Feature

htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3FeatureImpl

htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.Gff3Writer

htsjdk.tribble.gff.htsjdk.tribble.gff.SequenceRegion

htsjdk.tribble.index

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.AbstractIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Block

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.ChrIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.DynamicIndexCreator

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.Index

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexCreator

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.IndexFactory

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.MutableIndex

htsjdk.tribble.index.htsjdk.tribble.index.TribbleIndexCreator

htsjdk.tribble.index.interval

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.Interval

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalIndexCreator

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTree

htsjdk.tribble.index.interval.htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTreeIndex

htsjdk.tribble.index.linear

htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndex

htsjdk.tribble.index.linear.htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndexCreator

htsjdk.tribble.index.tabix

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.AllRefsTabixIndexCreator

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.StreamBasedTabixIndexCreator

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixFormat

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndex

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexCreator

htsjdk.tribble.index.tabix.htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexMerger

htsjdk.tribble.readers

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReaderIterator

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.BlockCompressedAsciiLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIterator

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineIteratorImpl

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.LongLineBufferedReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.Positional

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.PositionalBufferedStream

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.SynchronousLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixIteratorLineReader

htsjdk.tribble.readers.htsjdk.tribble.readers.TabixReader

htsjdk.tribble

htsjdk.tribble.htsjdk.tribble.readme.txt

htsjdk.tribble.util

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.FTPHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.HTTPHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianInputStream

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.LittleEndianOutputStream

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.MathUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.ParsingUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.RemoteURLHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.TabixUtils

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.URLHelper

htsjdk.tribble.util.htsjdk.tribble.util.URLHelperFactory

htsjdk.tribble.util.popgen

htsjdk.tribble.util.popgen.htsjdk.tribble.util.popgen.HardyWeinbergCalculation

htsjdk.utils

htsjdk.utils.htsjdk.utils.ClassFinder

htsjdk.utils.htsjdk.utils.ValidationUtils

htsjdk.variant.bcf2

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Codec

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Decoder

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2GenotypeFieldDecoders

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2LazyGenotypesDecoder

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Type

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCF2Utils

htsjdk.variant.bcf2.htsjdk.variant.bcf2.BCFVersion

htsjdk.variant.example

htsjdk.variant.example.htsjdk.variant.example.PrintVariantsExample

htsjdk.variant.utils

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.BinomialCoefficientUtil

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.GeneralUtils

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.SAMSequenceDictionaryExtractor

htsjdk.variant.utils.htsjdk.variant.utils.VCFHeaderReader

htsjdk.variant.variantcontext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Allele

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.CommonInfo

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.FastGenotype

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.Genotype

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeBuilder

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeJEXLContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeLikelihoods

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeNumLikelihoodsCache

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeType

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.GenotypesContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.JEXLMap

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.JexlMissingValueTreatment

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.LazyGenotypesContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.SimpleAllele

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.StructuralVariantType

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextComparator

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextUtils

htsjdk.variant.variantcontext.htsjdk.variant.variantcontext.VariantJEXLContext

htsjdk.variant.variantcontext.filter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.CompoundFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringIterator

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringVariantContextIterator

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.GenotypeQualityFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.HeterozygosityFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.JavascriptVariantFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.PassingVariantFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.SnpFilter

htsjdk.variant.variantcontext.filter.htsjdk.variant.variantcontext.filter.VariantContextFilter

htsjdk.variant.variantcontext.writer

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.AsyncVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Encoder

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldEncoder

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriterManager

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Writer

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IndexingVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.IntGenotypeFieldAccessors

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.Options

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriterBase

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VCFWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriter

htsjdk.variant.variantcontext.writer.htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterBuilder

htsjdk.variant.vcf

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.AbstractVCFCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCF3Codec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFAltHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFCompoundHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFConstants

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFContigHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFEncoder

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFilterHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFFormatHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeader

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineCount

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineTranslator

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineType

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderVersion

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIDHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFInfoHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIterator

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFIteratorBuilder

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFMetaHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPassThruTextTransformer

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPedigreeHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFPercentEncodedTextTransformer

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFReader

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFRecordCodec

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFSampleHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFSimpleHeaderLine

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFStandardHeaderLines

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFTextTransformer

htsjdk.variant.vcf.htsjdk.variant.vcf.VCFUtils

© 2015 - 2024 Weber Informatics LLC | Privacy Policy